أما على المستوى الجزئي، فإن قضايا الأمة التي يمكن أن يهتم بها المشروع الحضاري الإسلامي لا تكاد تحصر، من الخصوصية الثقافية، والديمقراطية، والمواطنة، والتعليم واللغة والهوية، والصراعات العسكرية، والصراع العربي الصهيوني والقدس، والأقليات المسلمة، وقضية المرأة.. وغيرها.
ثالثًا: مشروعات قضايا الأمة (على المستوى الجزئي)
- د. نادية محمود مصطفى، محمد بشير صفار (محرران)، علياء وجدي (مراجعة وتحرير)، الخصوصية الثقافية: نحو تفعيل التغيير السياسي والاجتماعي، (جامعة القاهرة: برنامج حوار الحضارات بكلية الاقتصاد والعلوم السياسية، 2008).
- د. نادية محمود مصطفى، د. محمد شوقي عبد العال (تنسيق علمي وإشراف)، الإعلان العالمي لحقوق الإنسان: حقوق الإنسان بين النظرية والتطبيق، (القاهرة: دار عين للدراسات والبحوث الإنسانية بالتعاون مع مركز الدراسات الحضارية وحوار الثقافات ومركز الحضارة للدراسات السياسية ومنتدى القانون الدولي، 2011).
- د. سيف الدين عبد الفتاح (إعداد وتقديم)، أسامة مجاهد (مراجعة وتحرير)، التعليم العالي في مصر: خريطة الواقع واستشراف المستقبل (أعمال المؤتمر السنوي الثامن عشر للبحوث السياسية 14-17 فبراير 2005)، (جامعة القاهرة: كلية الاقتصاد والبحوث السياسية، مركز البحوث والدراسات السياسية، 2006).
- د. هبة رءوف، د. علا أبو زيد (محرران)، المواطنة المصرية ومستقبل الديمقراطية: رؤى جديدة لعالم متغير، أعمال المؤتمر السنوي السابع عشر لمركز البحوث والدراسات السياسية (21- 23 ديسمبر 2003)، (القاهرة: مكتبة الشروق الدولية، 2005).
- د. نادية محمود مصطفى، د. هبة رءوف (محرران)، إسرائيل من الداخل: خريطة الواقع وسيناريوهات المستقبل، (القاهرة: مركز البحوث والدراسات السياسية، 2003).
- د. نادية محمود مصطفى (محرر)، معاداة السامية بين الأيديولوجيا والقانون والسياسة، (جامعة القاهرة: مركز البحوث والدراسات السياسية، القاهرة: دار السلام للطباعة والنشر والترجمة والتوزيع، 2007).
- د. نادية محمود مصطفى، د. إبراهيم البيومي غانم (محرران)، حالة تجديد الخطاب الديني في مصر، (القاهرة: مركز البحوث والدراسات السياسية- جامعة القاهرة، مكتبة الشروق الدولية، 2007).
- قضايا الصراعات المسلحة
- فقه الأقليات والمجامع الفقهية في الغرب
- التربية المدنية
- قضية المرأة
- الصراع العربي الإسرائيلي
- القدس.
- مركز الحضارة للدراسات السياسية، مشروع بحثي حول كيفية بناء مركز بحثي (غير منشور).
- د. نادية مصطفى وآخرون، إعداد الخبراء والاستشاريين… رؤى وآليات، بالتعاون بين: مركز الحضارة للدراسات السياسية بالقاهرة ومركز التأصيل للدراسات والبحوث بالرياض، 2013.
